به گزارش انتخاب؛ پدرش مرحوم آية ا...حاج سيد حسين خامنه اي عالم بزرگ تبريز و امام جماعت مسجد جامع اين شهر بود که در سال ۱۳۲۵ ه.ق رحلت نمود. سنين نوجواني وي مقارن با آغاز نهضت مشروطيت بود و ايشان برخي از رويدادهاي مهم از قبيل مصلوب کردن بزرگان تبريز در روز عاشورا به وسيله روسها را ديده بودند.
مرحوم آیة ا… سید جواد خامنه ای تحصیل را در تبریز آغاز نمود در سال ۱۳۳۶ ه. ق برای ادامه تحصیلات به مشهد مقدس مهاجرت کرد. در آنجا ۹ سال از محضر آیات عظام میرزا محمد آقازاده خراسانی، حاج آقا حسین قمی و حاج فاضل خراسانی استفاده برد که این ایام با قیام شیخ محمد خیابانی شوهر خواهر ایشان مقارن بود.
در سال ۱۳۴۵ ه. ق برای تکمیل تحصیلات رهسپار نجف اشرف شد و از خرمن علم و معرفت آیات عظام میرزا نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی بهره برد. پس از اتمام تحصیلات به مشهد بازگشتند و با دختر مرحوم آیة ا…حاج سید هاشم نجف آبادی ازدواج کرد.
ایشان سالها در مشهد به تدریس فقه و اصول و اقامه جماعت در مسجد جامع گوهرشاد و مسجد صدیقیهای بازار بزرگ مشغول بود. وی در عین برخورداری از مقامات عالی علمی، وجهه ای مردمی و محبوبیت داشت و تا آخر عمر در خانه ای محقر و با صفا زندگی کرد. او همواره با رژیم های سلطه ستم شاهی مخالف بود و هرگز حاضر نشد تا قدمی در موافقت و تأیید آنها بردارد. مقام معظم رهبری در توصیف ایشان می فرمایند: «پدرم با هر کاری که رضا خان پهلوی کرده بود، مخالف بود - از جمله؛ اتحاد و شکل از لحاظ لباس - و دوست نمی داشت همان لباسی را که رضا خان به زور می گوید، بپوشد.» مرحوم آیة ا…حاج سید جواد خامنه ای سرانجام در ۱۵ تیر ۱۳۶۵ / ۲۵ شوال ۱۴۰۶ در مشهد دار فانی را وداع گفت و پس از تشییع با شکوه مردمی در جوار حضرت امام رضا(ع) در توحید خانه(رواق پشت سر حضرت) به خاک سپرده شد.
امام خمینی در پیام تسلیت خود، علم و تقوای آقا سید جواد خامنه ای را مورد تأکید قرار داده و فرمودند:
جناب حجة الاسلام آقای حاج سید علی خامنه ای رییس جمهور محترم دامت افاضاته
رحلت والد معظم جنابعالی که عمری با علم و تعهد و تقوا به سر بردند، موجب تأسف گردید. این مصیبت را به جنابعالی و اخوان محترم و خاندان جلیل تسلی گفته، سلامت و موفقیت آن جناب را از خدای تعالی مسئلت دارم.
والسلام عليکم و رحمة ا... / ۲۸ شوال المکرم ۱۴۰۶ ( ۱۵ تير ۱۳۶۵ )/روح ا... الموسوي الخميني