روزنامه کیهان در صفحه پاورقی خود در مطلبی به قلم پیام فضلی نژاد نوشت:

روش و منش یورگن هابرماس در مباحثه با علی مصباح یزدی، ناخواسته او را به پای میز یک «محاکمه معرفتی» کشاند و از ناتوانی مغز فلسفه او در مواجهه انتقادی با اندیشه دانشوران مسلمان پرده برداشت؛ جایی که دیگر از تجاهل ها و جهالت های مرسوم غربزده ها خبری نبود؛ آنجا که فیلسوف آلمانی نمی توانست با سفسطه های رایج مدرنیته بر استدلال های پویای «تفکر شیعی» فائق بیاید.

فردای این ملاقات، هابرماس همراه علیرضا بهشتی به «تالار فردوسی» در دانشکده ادبیات دانشگاه تهران رفت تا برای دانشجویان از «دردهای رهایی» بگوید. از منظر او «دین برای بقا در جامعه مدرن، راهی جز پیوند یافتن با حاکمیت مردم(دموکراسی مدرن) و حقوق بشر ندارد» و دینداران و سنت گرایان باید «درد ناگزیر زایمان سکولاریزاسیون» را تحمل کنند:

«سنت زدایی» با دردهایی همراه است که من از آنها به عنوان «دردهای رهایی» نام می برم. این دردها در نتیجه پیوند یافتن دین و سنت با مقوله هایی مدرن نظیر حقوق بشر، دموکراسی و تکنیک شکل می گیرد که باید از سوی دینداران و باورمندان به سنت تحمل شود و به حقوق بشر تن دهند.

سه سال بعد در آبان ۱۳۸۴، وقتی سیدمحمد خاتمی پس از پایان دوره ریاست جمهوری اش به زادگاه یورگن هابرماس سفر کرد، به تکرار سخنان او پرداخت و گفت «اگر دین می خواهد بماند، باید حداقل به مقوّمات حقوق بشر تن دهد.» ارادت خاتمی به هابرماس آلمانی در رونویسی از دیدگاه های دینی اش منحصر نشد، بلکه از ایمانوئل کانت نیز در مقام «پدر مدرنیته» ستایش بی نظیری کرد؛ از جنس ستایش های عزت الله فولادوند از بازماندگان موسسه آمریکایی فرانکلین و سرحلقه مترجمان سکولار که همیشه به تقلید از مارتین هایدگر تکرار می کرد «همه ما زیر سایه کانت زندگی می کنیم!» خاتمی در کالج علمی برلین گفت:

امروز توجه به «آموزه های کانت» می تواند مانع از بروز بسیاری از مشکلات برای بشریت باشد. کانت احترام به انسان را مورد تعمق فلسفی قرار داده است. کانت انسان را «فی نفسه» قابل احترام می دانست و حقوق او را خدشه ناپذیر می شمرد. باید اسلام را به گونه ای ببینیم که با دموکراسی سازگار باشد. اگر دینی توانست آزادی را قبول کند، هم به امر «دموکراسی» کمک می کند و هم خود دین «تلطیف» می شود. اگر دین می خواهد بماند، باید حداقل به مقوّمات حقوق بشر تن دهد.
اشتراک نظر خاتمی با هابرماس در این نقطه پایان نمی گرفت و جز حوزه های دین شناختی، عرصه وسیع تری را در گستره «عقلانیت سکولار غرب» شامل می شد. هر دو، هم تلقی واحدی از عقلانیت و هم برداشت یکسانی از «جامعه مدنی» داشتند و رئیس دولت اصلاحات در دهه ۱۳۷۰ بارها گفت «برای آنکه بتوانیم بمانیم و پیشرفت کنیم، راهی جز راه غرب نداریم و راه غرب یعنی پذیرش خرد غربی.» بنابراین، خاتمی بی دلیل «ترسیم چشم انداز و ارزیابی اصلاحات در ایران» را به هابرماس نسپرد و مانند او اعتقاد داشت که «بدون تردید باید فهم خود را از دین تغییر دهیم.» خاتمی معتقد بود «دین از جهان دینی جداست. حق نداریم آنچه را که عده ای در زمانی و مکانی از دین فهمیده اند، عین دین بدانیم. می توان تفسیری غیرمطلق گرایانه از دین داشت. اما کسانی هم هستند که این امر را قبول ندارند. صحبت بر سر جهان دینی است؛ پس نمی توان جهانی را به جهانی دیگر تحمیل کرد.» با اتکاء به اصول فلسفه دین هابرماس، خاتمی رسالت شیعه در «جنگ عقیده» و «جنگ حق با باطل» را عقیده ای باطل دانست و به معارضه ای آشکار با دستاورد امام خمینی(ره) از «مکتب اسلام ناب» دست زد:

بارها گفته ام در زمان غیبت معصوم چه کسی گفته است که ما رسالت مسلمان کردن و تحمیل نظام خودمان به جهان را داریم؟

این انگاره، روایتی دیگر از نظریه سکولاریستی هابرماس بود که توصیه می کرد «ادیان باید از ادعای خود در مورد شکل دهی ساختار زندگی، که نه فقط در برگیرنده افراد، بلکه در برگیرنده حکومت و جامعه نیز هست، دست بردارند. بدین ترتیب، پیوند حکومت و دین از یکدیگر گسسته می شود.» ۱۳۰ در مقابل این دیدگاه، امام خمینی(ره) اعتقاد داشتند:
ما در صدد خشکاندن ریشه های فاسد «صهیونیسم»، «سرمایه داری» و «کمونیسم» در جهان هستیم. ما تصمیم گرفته ایم به لطف و عنایت خداوند بزرگ، نظامهایی را که بر این سه پایه استوار گردیده اند، «نابود» کنیم و نظام اسلام رسول الله(ص) را در جهان استکبار «ترویج» نماییم و دیر یا زود ملتهای دربند شاهد آن خواهند بود…

ما هدفمان «پیاده کردن» اهداف بین المللی اسلامی در جهان فقر و گرسنگی است. ما می گوییم تا شرک و کفر هست، «مبارزه» هست و تا مبارزه هست ما هستیم… ما انقلابمان را به تمام جهان صادر می کنیم، چرا که انقلاب ما اسلامی است؛ تا بانگ «لااله الاالله» و «محمد رسول الله» بر تمام جهان طنین نیفکند، مبارزه هست و تا مبارزه در هر کجای جهان علیه مستکبرین هست، ما هستیم.»

تقابل سیدمحمد خاتمی با نظریه های بنیادین امام خمینی و هواداریش از انگاره های دینی یورگن هابرماس، ملاقات این دو را در نظر اصلاح طلبان جذاب تر می ساخت. برای همین، عطاءالله مهاجرانی در آخرین روز سفر هابرماس به ایران برنامه ملاقات خصوصی رئیس جمهور با وی را در منزل محسن کدیور ریخت. هابرماس شامگاه پنجشنبه ۲۶ اردیبهشت ۱۳۸۱ برای شرکت در جلسه ای خصوصی با رهبران اصلاحات به محله قیطریه تهران رفت تا با سعید حجاریان، محمد مجتهد شبستری، علیرضا بهشتی، عطاءالله مهاجرانی و... دیدار کند.۱۳۲ او تازه از سفر توریستی شیراز برای دیدن تخت جمشید بازگشته بود و رئیس جمهور خاتمی هم که دعوت از هابرماس با پشتیبانی مالی و سیاسی او انجام شد، بنا داشت بلافاصله پس از پایان برنامه کاری اش در مازندران خود را از فرودگاه مهرآباد به خانه کدیور برساند.