در مشهد مجمعی از طلاب قم بود که سید علی آنها را می شناخت. سید مصطفی خمینی که تابستان‌ها به مشهد می‌آمد، با این مجمع جوش می خورد. «از آنها می شنید که آقای حاج آقا روح الله خمینی در قم یک مدرس معروف بزرگ و مورد توجه طلاب و فضلای جوان است.»
سید علی سال ۱۳۳۶ که راهی عتبات بود چند روزی در قم توقف کرد و سری به درس های خارج حوزه علمیه زد. کلاس درس امام خمینی برایش تازگی داشت. استاد بلند صحبت می‌کرد و شاگردها می‌توانستند از هر طرف اشکال کنند. احساس کرد پویایی در جان محفل درسی خود نمایی می‌کند. سال ۱۳۳۷ برای ادامه تحصیل به قم آمد و تقریبا یک دوره اصول را نزد امام خمینی آموخت؛ آموزش فقه را هم، غیر از آنچه از آقای حائری گرفت، بقیه را نزد حاج آقا روح الله گذراند.
*استاد اخلاق
با درگذشت آیت الله بروجردی زمزمه‌ای میان طلاب جریان داشت که مرجعیت به کجا خواهد رفت؟ قم یا نجف؟ آیت الله خمینی در یکی از روزهای درسی گفت که نباید قم و نجف در میان باشد. گفت که اختلاف از شیطان است. در گروهی که هدف شان خداست با یکدیگر اختلاف نمی کنند؛ برای خدا درس بخوانید؛ قم و نجف ندارد.
آیت الله خمینی مردی مهذب، آراسته و مراقب بود. سید علی می‌دید که وی تا چه اندازه مورد توجه بزرگان است. «من واقعاً کمتر کسی از علما را دیده ام که از لحاظ سابقه تقوایی بین خواص این همه موجه باشد. این چیز مهمی است که در دوران زندگی اش جوری عمل کرده که کسانی که امروز موجه هستند و توی مردم از لحاظ تقوایی مورد قبول اند همه او را به تقوی یاد کنند.»
*امام خمینی و سیاست
جلوه سیاسی امام خمینی از سال ۱۳۴۱ شمسی نمایان شد. در جریان تصویب لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی «ما چهره سیاسی آقای خمینی را برای اول بار کشف کردیم… وقتی مبارزات پیش آمد در حقیقت ما… احساس کردیم آن شخصیتی که می‌تواند از لحاظ فکری و روحی ما را اشباع کند ایشان است و لاغیر.»
آقای خامنه ای از نخستین کسانی بود که با شروع مبارزه به امام خمینی پیوست، و خود به این موضوع چنین تصریح می کند: «از اولین ساعت‌های مبارزه ما رفتیم دوروبر ایشان و بنا کردیم در خدمت ایشان کار کردن و حرکت کردن.»
از جمله فعالیت‌های نخست، تکثیر و پخش اعلامیه‌های ایشان بود. وی و دوستانش دستگاه تکثیر فراهم کردند. جمعی بودند که اعلامیه‌های امام را تکثیر می کردند و به تهران می بردند. اعلامیه ها نیز در تهران چاپ می شد که به قم می آوردند. چاپ و تکثیر اعلامیه‌ها یکی از خواست‌های امام در نشست بسیار مهم او با علمای طراز اول قم بود.
به دنبال اعلام تصویب نامه انجمن های ایالتی و ولایتی در جراید برخی مراجع به درخواست امام خمینی در خانه مرحوم آیت الله حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی گرد آمدند. امام خمینی لایحه را برای حاضران تشریح کردند. با توافق بر سر ارسال تلگرام به شاه و اعلام مخالفت با لایحه، امام پیشنهاد کردند که متن این تلگرام چاپ و در دسترس مردم قرار گیرد.
شاه در پی پاسخی سر بالا و اهانت آمیز به تلگرام موضوع را به نخست وزیر اسدالله عَلَم ارسال می کند. امام در تلگرام خود به عَلَم تاکید می کند در صورت اصرار دولت به عدم لغو تصویب نامه، علمای ایران و عتبات ساکت نخواهند ماند.
آقای خامنه ای می دید که در غیاب آیت الله بروجردی در نبود شخصیتی که دستگاه‌های دولتی از او حساب ببرند، مردی پیدا شده که به نخست وزیر حکومت می نویسد: «اگر برایتان اشکال وجود دارد، بیایید قم زانو بزنید تا علما به شما بگویند و به شما بفهمانند که کجای این[تصویب نامه] اشکال شرعی دارد.»
این موضع شجاعانه «عظمتی در ذهن انسان زنده می کرد که من وقتی این اعلامیه را دیدم گمان می کنم افتادم به سجده که الحمدلله مرد بزرگی پیدا شده که دارد عظمت دین را این طور متجلی می کند.»
جدل‌های مکتوب امام در اعلامیه هایش نماد شجاعت مرد نوظهور برای مریدان و شاگردهایی چون سید علی خامنه ای بود. پاسخ های امام «جنبه مجادله و منکوب کردن و محکوم کردن خصم داشت…اعلامیه های ایشان در این جهت خیلی قوی بود. این خصوصیات را ما در ایشان کشف کردیم. این بود که علاقه ها زیادتر شد.»
سرانجام پس از تلاشهای بسیار دهم آذر، روزنامه های عصر تهران در صفحه نخست خود نوشتند که به تصمیم دولت تصویب نامه مورخ ۱۴/۷ / ۴۱ قابل اجرا نخواهد بود.
*برگرفته از کتاب شرح اسم(زندگی نامه آیت الله سید علی حسینی خامنه ای) نوشته هدایت الله بهبودی.
