در سند زیر که جز اسناد به دست آمده از لانه جاسوسی آمریکا است نشان می‌دهد که از همان ابتدا اختلافات زیادی مابین بازرگان و امام خمینی وجود داشت. متن کامل سند به شرح ذیل است:
از : سفارت آمریکا در تهران
تاریخ : 8 مارس 1979 17 اسفند 1357
به : هیئت نمایندگی ایالات متحده در ناتو
طبقه بندی : سری پخش محدود
شماره سند: 2785
موضوع : ارزیابی وضع ایران
1 - علیرغم ارزیابی که در تلکس مرجع صورت گرفته، ما دلیلی برای خوش بینی معتدل نسبت به وضع فعلی ایران نمی بینیم. تمام نکات ضعفی که در مورد موقعیت بازرگان ذکر شد صحیح می باشند، ولی مسائلی که به عنوان نمایانگر قدرت بازرگان از آنها یاد شده اصلاً واقعیت ندارد.
2- مثلاً ایرانیان زیادی در حالی که مایل هستند به مشکلات ایران پایان دهند ولی قدرتی برای انجام این کارندارند. وقایع خارج از کنترل هر فرد یا گروهی اتفاق افتاده اند و حالا با شتاب خودشان به سوی پایانی پیش می روند که برای اکثریت ٬ غیر قابل تصور و ناخوشایند است.
3- گذشته از آن به نظر می رسد که از همین ابتدا اختلاف فزاینده ای میان خمینی (که برخواستهایش برای تصفیه نفوذ خارجی از جامعه ایرانی و اسلامی کردن کامل جامعه هرچه بیشتر پافشاری می کند) و بازرگان که سعی دارد همه را راضی کند ( ولی مؤثر نیست) وجود دارد. کمیته های انقلاب از خمینی حرف شنوی دارند و از دولت موقت مستقل هستند. دولت هم سعی دارد برای خود قانون وضع کند و بصورت مستقل از خمینی پیش رود.
