رادیو فردا در واکنش به خبر انتصاب جدید رئیس کل ستاد نیروهای مسلح نوشت: سرلشگر باقری بعد از برادرش حسن باقری که بانی و موسس اطلاعات عملیات جنگ بود شناخته شده ترین فرمانده ایرانی دوران جنگ در این حوزه است.

تقریبا تمامی دست اندرکاران جنگ ایران و عراق بر این اعتقادند که پس از حسن باقری هیچکس به اندازه برادرش محمد از تعداد لشکرها و تیپ ها و یگان های عراق و محل استقرار و جابجایی و تحرکات آنها اطلاعات نداشته است.