نحوه محاسبه امتیازات به سه بخش پژوهشی، آموزشی و مصاحبه تقسیم بندی شده است. در بخش پژوهش حداکثر ۴۰ امتیاز در نظر گرفته شده است. این امتیازات برای پذیرفته شدگان مرحله اول دکتری، مربیان و ممتازهای پژوهشی محاسبه می شود.

به گزارش مهر، بر اساس جدول امتیازات پژوهشی، مقالات ISI، مقالات علمی - پژوهشی، مقالات علمی ترویجی، کنفرانس های معتبر، سوابق پژوهشی، کسب رتبه در جشنواره ها و مقام در مسابقات علمی معتبر، گواهی ثبت اختراع، تالیف یا ترجمه کتاب شامل امتیازاتی می شوند که این میزان از ۲۵ تا ۵ امتیاز متغیر است.

همچنین بر اساس فرم نمونه ای که از سوی سازمان سنجش آموزش کشور ارائه شده است، بخش آموزش حداکثر ۳۰ امتیاز دارد. بر اساس جدول امتیازات آموزشی، دانشگاههای محل تحصیل فرد در مقطع کارشناسی و کارشناسی ارشد، معدل فرد در مقاطع کارشناسی و کارشناسی ارشد، مدرک زبان، سوابق آموزشی و برگزیدگان المپیادهای معتبر نیز امتیازاتی متغیر از ۵ تا ۱۰ بر اساس نظر اعضای کمیته مصاحبه کننده، در نظر گرفته شده است.

در بخش مصاحبه نیز حداکثر ۳۰ امتیاز به فرد تعلق می گیرد و بر اساس جدول ارائه شده از جزئیات آن، شاخص های ارزیابی شامل تسلط علمی داوطلب، وسعت نظر، نوآوری و کارآفرینی، توانایی فرد در تجزیه و تحلیل مسائل و پاسخگویی به سئوالات، تعهد داوطلب در همکاری با دانشکده و حضور تمام وقت در تحقیقات، شخصیت، متانت، نحوه تعامل و قدرت ایجاد ارتباط و برازندگی، نگرش و اطلاعات فناوری صنعتی، نظر استاد راهنما است که امتیازات آن از ۴ تا ۶ متغیر است.

سازمان سنجش آموزش کشور در توضیح این امتیازبندی یادآور شده است: این فرم به عنوان نمونه جهت ارزیابی پذیرفته شدگان مرحله اول آزمون دکتری سال ۹۰ تدوین شده و دانشگاهها می توانند بر اساس فرم موجود در دانشگاه عمل کنند اما لازم است امتیاز دهی به صورت شفاف و حدالامکان کمی سازی شده باشد.