از جمله این مشکلات می‌توان به عدم برقراری ارتباط، ضعف آنتن دهی، اختلال بلوتوث، عدم پشتیبانی صحیح از شبکه های نسل چهارم و غیره اشاره کرد.

بر اساس پرسشنامه هایی که در سایت های فناوری مشهور 9toMac  و Gizmodoبرای بررسی مهم ترین مشکلات آیفون 7 و 7 پلاس منتشر شده، متداول ترین مشکل در دو گوشی مذکور اختلال در استفاده از قابلیت بلوتوث است که اتصال گوشی به خودرو برای شنیدن موسیقی یا انجام امور دیگر را ناممکن می کند.

خریداران این گوشی که از خدمات اپراتور وریزون استفاده می‌کنند نیز می گویند آیفون 7 آنها از نسل چهارم شبکه‌های تلفن همراه یا همان ال تی ای پشتیبانی نمی‌کند.

کاربران در توضیح این مشکلات گفته‌اند گوشی‌های تازه آنها به طور خودکار به خودرو یا بلندگوی آن متصل نمی‌شود. کاربر دیگری اتصال بلوتوث آیفون 7 را یک کابوس توصیف کرده است، زیرا این ارتباط به طور مداوم قطع می شود و لذا نمی شود به موسیقی گوش کرد. این مشکل در مورد هدفون ‌ای بلوتوث و اتصال به دیگر سیستم های تفریحی خودروها مانند Ford Focus، Volkswagen Jetta GLI، BMW 335i  و Toyota Venza هم گزارش شده است.

از سوی دیگر نقص در اتصال به شبکه های LTE هم موجب شده کاربران به شبکه‌های کم سرعت تر نسل سوم بازگردند و تبادل داده را با سرعت پایین تری انجام دهند. اپل سیستم عامل به روز شده iOS 10.0.2 را هم برای حل مشکلات مذکور ارائه کرده ولی این سیستم عامل هم نتوانسته رضایت کاربران را جلب کند.