به گزارشافکارنیوز، پس از آن به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و بعد از تبعید امام خمینی، در سال ۱۳۴۵ مخفیانه برای دیدار پدر عازم نجف شد و در همان جا به دست پدر، به سلک روحانیت درآمد. چندی بعد به وطن بازگشت و با ایجاد ارتباط های مطمئن در میان عناصر انقلابی و رهبر انقلاب، به سازماندهی نیروهای فعال مذهبی پرداخت و ضمن انجام این فعالیت ها، با جدیت تمام به کسب علوم و معارف دینی و ضروری روی آورد. پس از طی دوره مقدماتی و متوسطه حوزه، سطوح عالی را نزد استاتید بزرگی همچون آیتالله سلطانی(پدر همسر مکرشان)، آیتالله حاج مرتضی حائری و ایتالله
شبیری زنجانی سپری کرد.
در سال ۱۳۵۶، برخی از همرزمان ایشان توسط ساواک دستگیر شده و ارتباط آنان با وی آشکار شد. از این رو مخفیانه ایران را ترک نموده و به نجف میرود. در همین سفر، فاجعه رحلت برادر بزرگوار ایشان آیتالله سید مصطفی خمینی به وقوع پیوست. پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز ایشان، نقش انقلابی و اجتماعی حساسی را ایفا نمودند و در طول ده سال پس از انقلاب و دوران دفاع مقدس نیز به بهترین وجه برای خدمت به ملت ایران و رهبر کبیر انقلاب کمر همت بسته و بیت امام را به بهترین وجه اداره نمودند و همواره مطمئنترین و امینترین مشاور امام بودند. پس از رحلت حضرت امام نیز، ضمن پیروی از مقام منیع ولایت، تمام همت خویش را معطوف به پاسداری از وصایای پدر نمودند و همواره در صف پاسداری از نظام و انقلاب در خط مقدم قرار داشتند. سرانجام پس از تحمل چند سال غم جانکاه دوری پدر که مهلکترین خبر به جسم و روح ایشان بود، در شامگاه ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ ندای حق را لبیک گفت.
در سال ۱۳۵۶، برخی از همرزمان ایشان توسط ساواک دستگیر شده و ارتباط آنان با وی آشکار شد. از این رو مخفیانه ایران را ترک نموده و به نجف میرود. در همین سفر، فاجعه رحلت برادر بزرگوار ایشان آیتالله سید مصطفی خمینی به وقوع پیوست. پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز ایشان، نقش انقلابی و اجتماعی حساسی را ایفا نمودند و در طول ده سال پس از انقلاب و دوران دفاع مقدس نیز به بهترین وجه برای خدمت به ملت ایران و رهبر کبیر انقلاب کمر همت بسته و بیت امام را به بهترین وجه اداره نمودند و همواره مطمئنترین و امینترین مشاور امام بودند. پس از رحلت حضرت امام نیز، ضمن پیروی از مقام منیع ولایت، تمام همت خویش را معطوف به پاسداری از وصایای پدر نمودند و همواره در صف پاسداری از نظام و انقلاب در خط مقدم قرار داشتند. سرانجام پس از تحمل چند سال غم جانکاه دوری پدر که مهلکترین خبر به جسم و روح ایشان بود، در شامگاه ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ ندای حق را لبیک گفت.