پس از وقوع انقلاب اسلامی و به اعتبار تبدیل شدن دانشگاه به اتاق جنگ گروهک‌ها علیه نظام و نیز لزوم تحول دانشگاه‌ها از هویت غرب‌زده به هویت اسلامی- ایرانی، موضوع انقلاب فرهنگی پیش آمد. با این وجود هاشمی رفسنجانی چند روز پیش در مراسم سالگرد تأسیس دانشگاه آزاد به تعطیلی دانشگاه‌ها در اوایل انقلاب اشاره کرد و گفت: در آن زمان دانشجویان قیام کردند و دانشگاه‌ها تعطیل شد و اسمش را انقلاب فرهنگی گذاشتند و این کار اشتباهی بود و من با آن مخالف بودم.
گفتنی است پس از تعطیل رسمی دانشگاه‌ها، امام خمینی«ره» در تاریخ 59/3/23 فرمانی را مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی صادر نمودند. در قسمتی از فرمان ایشان آمده است: «مدتی است ضرورت انقلاب فرهنگی که امری اسلامی است و خواست ملت مسلمان می‌باشد اعلام شده است و تاکنون اقدام موثری انجام نشده است و ملت اسلامی و خصوصا دانشجویان با ایمان متعهد نگران آن هستند و نیز نگران اخلال و توطئه‌گران که هم‌اکنون گاه گاه آثارش نمایان می‌شود و ملت مسلمان و پایبند به اسلام خوف آن دارند که خدای نخواسته فرصت از دست برود و کار مثبتی انجام نگیرد و فرهنگ همان باشد که در طول مدت سلطه رژیم فاسد کارفرمایان بی‌فرهنگ، این مرکز مهم اساسی را در خدمت استعمارگران قرار داده بودند. ادامه این فاجعه که مع‌الاسف خواست بعضی گروه‌های وابسته به اجانب است ضربه‌ای مهلک به انقلاب اسلامی و جمهوری اسلامی وارد خواهد کرد و تسامح در این امر حیاتی، خیانتی عظیم بر اسلام و کشور اسلامی است. بر این اساس به حضرات آقایان محترم محمدجواد باهنر، مهدی ربانی املشی، حسن حبیبی، عبدالکریم سروش، شمس‌آل‌احمد، جلال‌الدین فارسی و علی شریعتمداری مسئولیت داده می‌شود تا ستادی تشکیل دهند و از افراد صاحب نظر متعهد، از بین اساتید مسلمان و کارکنان متعهد با ایمان و دیگر قشرهای تحصیل‌کرده، متعهد و مومن به جمهوری اسلامی دعوت نمایند تا شورایی تشکیل دهند و برای برنامه‌ریزی رشته‌های مختلف و خط‌مشی فرهنگی آینده دانشگاه‌ها، براساس فرهنگ اسلامی و انتخاب و آماده‌سازی اساتید شایسته، متعهد و آگاه و دیگر امور مربوط به انقلاب آموزشی اسلامی اقدام نمایند.»
هاشمی پیش از این نیز در برخی مقاطع اذعان کرده که با مواضع انقلابی حضرت امام از جمله بر سر مبارزه با استکبار زاویه داشته است اما بدتر از اینکه وی به جعل و تحریف تاریخ نیز متوسل شده و مثلا به دروغ ادعا کرده بود امام مخالف شعار مرگ بر آمریکا بود؛ حال آن که امام در آخرین سخنرانی‌های حیات مبارکشان هم بر شعار مرگ بر آمریکا تأکید می‌کردند.
