حجت الاسلام جعفر شجونی در واکنش به سخنان محمدباقر نوبخت مبنی بر تشکیل اتاق فکر علیه دولت، اظهار کرد: دولت با کارهای خودش سبب شده که این توهم برای دولتمردان به وجود آید که علیه آنها اتاق فکر تشکیل شده است، در حالی که این دولت مورد حمایت رهبری است و کسی حال و حوصله تشکیل اتاق فکر علیه آن را ندارد.
وی ادامه داد: مسئولان دولت به جای انتقاد از عملکرد دو دولت گذشته، کار خودشان را انجام دهند و منتقدان را بی‌سواد و بی‌شناسنامه نخوانند، هرچند که کسی به حرف ما گوش نمی‌دهد و به محض آنکه دو یا سه‌بار از دولت انتقاد کردیم، دیگر ما را به افطاری سالانه دولت دعوت نکردند و به جای امثال من، جمعی از روحانیان حامی را به این مراسم فراخواندند.
این عضو جامعه روحانیت مبارز با بیان اینکه همواره دلسوز نظام بوده و جوانی‌اش را برای پیروزی انقلاب در زندان گذرانده است، گفت: من پیش از انقلاب 25 بار به زندان رفتم و شدت ضربات کابلی را بر بدنم تحمل کرده‌ام که اگر به دیوار می‌خورد، خرابش می‌کرد اما با این حال 25 هزار تومان به این نظام هزینه تحمیل نکردم و امروز متاسفم که چاپلوس‌ها بیشتر از منتقدان، مورد تکریم قرار می‌گیرند.
وی افزود: من دلواپس هستم، به این دولت هم انتقاد دارم و صریحاً می‌گویم که این دولت مستقل نیست و دستش با دست اصلاح‌طلبان و حزب کارگزاران در یک کاسه است؛ این دولت در نهایت دولت موفقی نخواهد شد.
شجونی با تاکید بر اینکه تلاشها و سخنرانیهای امثال او به مردم دلگرمی بخشید تا در دو، سه سال اخیر از پا نیفتند، ادامه داد: خدا را شکر می‌کنم که در هیچ اتاق فکری تردد ندارم و به هیچ‌کس نیز وابسته نیستم اما به دولتمردان می‌گویم اگر اتاق فکری هم وجود داشته باشد، در لندن است و اصلاح‌طلبانی که خودشان را در مجالس سوم و ششم شورای اسلامی نشان دادند، عضو آن هستند.
این عضو جامعه روحانیت مبارز با بیان اینکه انقلاب اسلامی هنوز به ادارات کشور وارد نشده است، گفت: من فریاد می‌زنم و می‌گویم که هنوز انقلاب به ادارات ما نرفته و مردم را در ادارات سنگ‌قلاب می‌کنند. خود من دوبار از این ادارات ضربه خورده‌ام و نوکران میرحسین موسوی در شعبه‌ای از دیوان عدالت اداری و یکی از ادارات وزارت مسکن و شهرسازی، من را به علت زبان سرخی که دارم، با مشکلاتی مواجه کرده‌اند و می‌خواستند انتقام خودشان از انقلاب و امام (ره) را از من بگیرند.
شجونی با اشاره به خطبه‌ای از نهج‌البلاغه اظهار کرد: دولتمردان ما باید بدانند که آفت یک حکومت از دیدگاه امیرالمومنین، ظلم به مردم، دزدی از بیت‌المال، فامیل‌بازی و پرداخت رشوه است؛ پس تلاش کنند که این آفتها را از دولت‌شان دور کنند .
این عضو جامعه روحانیت مبارز امدعی شد: من اسنادی دارم که بسیاری از مدیران دولتی وقتی به مسئولیت رسیدند، اولین کاری که کردند برای فرزندان و آشنایان خودشان کار جور کردند که برای جلوگیری از چنین شرایطی باید از دانشگاه آزاد و ادارات دولتی تحقیق و تفحص به عمل آید .
