روز دوم تیر 1354 امام خمینی (ره) در نامه ای به احمد حسن البکر رئیس جمهور وقت عراق، وی را از اخراج روحانیون ایرانی از عراق برحذر داشت. متن نامه امام خطاب به حسن البکر به این شرح است:

بسم اللّه‏ الرحمن الرحیم

حضرت آقای رئیس جمهور

پس از اهدای سلام با آنکه مأمورین رسمی وعدۀ تجدید اقامۀ علمای اعلام و محصلین حوزۀ علمیه را کراراً داده‌‏اند و علاقه شما را به حوزه‏‌های علمیه و علمای دین ابلاغ کرده‌‏اند، اخیراً به طور ناگهان و اسف ‏آوری در خیابانها و بازارها متعرض اهل علم شده و با وضع اسفناکی آنها را جلب نموده و به آنها ابلاغ نموده‌‏اند که در یک هفته بروند برای خروجی.

اینجانب با آنکه بنا نداشتم مزاحم شوم لکن احساس وظیفه می‏کنم و نظر شما را به تلگرافی که در 4 ذی ‏القعده 1391 نموده و مصالح را تذکر داده‌‏ام جلب می‏کنم و اکنون نیز حسب وظیفه تذکر می‏‌دهم که مصلحت نیست حوزۀ بیش از یک‏ هزار سالۀ نجف اشرف که برای فقه اسلام تشکیل شده و در قلع فسادهای اخلاقی و اجتماعی اثر بسزا دارد، در زمان ریاست شما منقرض شود؛ مصلحت نیست بیش از یک‏هزار نفر رجال علم، آزرده ‏خاطر، به این نحو از مملکت شما رانده شوند و در بلاد منتشر شوند؛ مصلحت نیست که مراجع عظام و مشایخ محترم که دنبال این تسفیر [*]ممکن است هجرت کنند، از مملکت شما با این کیفیت خارج شوند.

خاطر شریف مستحضر است که فقهای اسلام و مراجع عظام چه منزلتی در قلوب مسلمین دارند. مصلحت نیست قلوب ملتها را در این زمان از دولت خود برنجانید و راه را برای تبلیغ بدخواهان باز کنید. اینجانب احتمال می‏دهم که در این امر دستی از مخالفین دوست‏نما در کار باشد؛ من گمان ندارم فکر خیرخواهانه‏ای به این امر منتهی شده باشد.

فکر وحدت مسلمین و دولتهای اسلامی در رأس برنامۀ زندگی اینجانب است. من از اختلافات دولتهای اسلامی نگران هستم، من از واقعه ‏هایی که به شکاف بین مسلمین و دولتهای آنها منتهی شود خائف هستم و نظر شما را به مفاسد حاصله از این عمل جلب می‏کنم و مقتضی می‏دانم دستور دهید متعرض حوزۀ مبارکه نشوند و اقامۀ آنها را چنانچه وعده کرده‌‏اند بدهند و به سایرین نیز اقامه دهند تا محصلین با دلگرمی به تحصیل و خدمت به اسلام و ممالک اسلامی مشغول باشند. والسلام علیکم - 13 شهر جمادی‏ الثانی 1395 - روح‏اللّه‏ الموسوی الخمینی(1)

یاد آوری می‌شود امام خمینی دو نامه مهم خطاب به حسن البکر فرستادند. نامه دوم ایشان پس از پیروزی انقلاب اسلامی در پاسخ به اعلام شناسایی انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران توسط حسن البکر بود. روز 21 فروردین 1358 حسن البکر با ارسال پیامی برای امام خمینی، برقراری نظام جمهوری اسلامی ایران را تبریک گفت و خواستار برقراری روابط مستحکم میان دو دولت شد. یک هفته بعد در روز 28 فروردین امام خمینی در پاسخ به پیام تبریک حسن البکر فرمودند: «من امیدوارم همه دولتها با ملتهای خود با مسالمت رفتار کنند... عاقبت اختناق ها انفجار است و آن نه صلاح ملت و نه صلاح دولت».(2)

نامه دوم امام سه ماه قبل از کودتای صدام علیه حسن البکر انتشار یافت. روز 25 تیر 1358 حسن البکر تحت فشار معاون خود صدام حسین از مقام خود استعفا داد و صدام به ریاست جمهوری عراق رسید

* راندن، بیرون کردن

صحیفه امام، ج 3 ، ص93 و 94 و ج 7 ص 32