پرونده اتهامات مهدی هاشمی‌رفسنجانی با بازگشت وی از انگلیس در مهرماه سال 91، به جریان افتاد و وی سوم مهرماه به اتهام جرائم امنیتی، اختلاس و ارتشا دستگیر و روانه زندان شد. قوه‌قضائیه در روند رسیدگی به اتهامات مهدی هاشمی، کیفرخواستی در 125 صفحه تدوین کرد و در نهایت پس از 679 روز، رسیدگی مجدد به اتهامات مهدی هاشمی آغاز شد.
در ایام رسیدگی دادگاه به جرائم وی، فشارها بر قوه‌قضائیه در این پرونده به قدری افزایش یافت که علاوه بر سخنگوی دستگاه قضا، رئیس قوه‌قضائیه نیز از این روند گلایه کرد. رئیس دستگاه قضا اسفندماه 93 پس از صدور حکم دادگاه بدوی مهدی هاشمی، گفت: برخی می‌گویند «نمی‌خواهیم در کار قضایی دخالت کنیم» اما با سخنان خود به نوعی دخالت می‌کنند، بویژه القای این نکته که ممکن است متهم تبرئه شود ولی به نحو دستوری او را محکوم کنند، این سخن خلاف و نشر آن قابل پیگیری است. این اظهارنظر آیت‌الله لاریجانی در واقع واکنش به اظهارات هاشمی‌رفسنجانی بود. در نهایت اما قوه‌قضائیه تسلیم فشارهای بیرونی نشد و سرانجام حکم مهدی هاشمی‌رفسنجانی ۲۱ خرداد ۹۴ به جرم اختلاس، ارتشاء و مباحث امنیتی اعلام و وی به ۱۰ سال زندان محکوم شد.
اعتراض خاندان هاشمی به این حکم نیز نتیجه‌ای در بر نداشت و 2 ماه بعد 18 مرداد 94 مهدی هاشمی روانه زندان شد اما شیوه زندان رفتن مهدی هاشمی نیز در نوع خود جالب توجه بود. در روزی که قرار بود مهدی هاشمی برای اجرای حکم به زندان اوین مراجعه کند، ویدئویی از وداع وی با خانواده‌اش در فضای مجازی منتشر شد. این نمایش و نامه پس از آن به رئیس دستگاه قضا و بیان ادعاهایی علیه این دستگاه، آخرین تیر برای مظلوم‌نمایی بود و البته شاید اقدامی برای اخذ مساعدت‌های دوران زندان. از حضور مهدی هاشمی در زندان چند هفته‌ای بیشتر نگذشته بود که در بازرسی ماموران زندان اوین، چندین سکه و سیمکارت در میان وسایل فرزند هاشمی‌رفسنجانی کشف شد.
این کشفیات این سوال را در اذهان عمومی ایجاد کرد که این مقدار زیاد مسکوکات و سیمکارت به چه کار یک زندانی در بند می‌آید؟ اما جدا از اتفاقات داخل زندان، آنچه مهم‌تر است، میزان مرخصی‌های مهدی هاشمی و ورود و خروج‌های وی از زندان اوین است. فرزند هاشمی‌رفسنجانی از 18 مرداد که به اوین منتقل شده است تا به امروز چندین و چند بار از مرخصی استفاده کرده است. میزان مرخصی‌های وی به حدی است که تقریبا در غالب نشست‌های خبری سخنگوی دستگاه قضا، یکی از سوالات به این موضوع اختصاص پیدا کرده است.
براساس این گزارش، نخستین مرخصی مهدی هاشمی از زندان اوین به آذرماه سال 94 و کمتر از 3 ماه پس از حضورش در زندان بازمی‌گردد. وی در روز اربعین (11 آذرماه) به مدت 3 روز به مرخصی رفت و چهاردهم آذر خود را به زندان معرفی کرد. اما دومین مرخصی وی به خاطر مشکلات جسمانی بود. یک ماه پس از نخستین مرخصی، به خاطر آنچه نامساعد بودن وضعیت جسمانی مهدی هاشمی اعلام شد وی در بیمارستان بستری شد. غیر از دوران حضور در بیمارستان، پس از انجام عمل جراحی، پزشکان 2 هفته مرخصی خارج از زندان را برای وی تجویز کردند. این مرخصی نیز روز 14 دی‌ماه به پایان رسید.
پس از این مرخصی، مهدی هاشمی نوروز 95 نیز از مسؤولان زندان اوین تقاضای مرخصی می‌کند که زندان با این مرخصی موافقت نمی‌کند اما بناگاه 2 هفته بعد در 15 فروردین، فرزند هاشمی‌رفسنجانی نیاز به جراحی پیدا می‌کند و از زندان خارج می‌شود. یکی دیگر از موارد مرخصی مهدی هاشمی از زندان به ماه گذشته بازمی‌گردد. گویا آخرین مرخصی مهدی هاشمی به خاطر «رفتار مناسب وی در زندان» به او داده شده است.
وی 3 هفته پیش، پس از پایان مرخصی خود به زندان اوین بازگشته است. اما یکی از مواردی که ماجرای مرخصی‌های مهدی هاشمی را قابل تامل می‌کند، تکیه او بر وضعیت جسمانی است. توجه بیش از اندازه به وضعیت جسمانی آن هم در شرایطی که باید محکومیت خود را در زندان سپری کند، نکته‌ای است که واقعیت آن بر کسی پوشیده نیست.
البته به نظر می‌رسد این موضوع، یعنی وضعیت جسمانی، بیش از پیش نیز مورد استفاده قرار گیرد. محمود علیزاده‌طباطبایی، وکیل مهدی هاشمی در گفت‌وگو با «وطن امروز» درباره اینکه آیا در حال حاضر مهدی هاشمی در مرخصی به سر می‌برد، گفت: در تماسی که روز دوشنبه با دفتر آقای هاشمی رفسنجانی داشتم، اگر مهدی هاشمی بیرون از زندان بود، به بنده اطلاع می‌دادند. وی درباره مرخصی اخیر مهدی هاشمی و اینکه این مرخصی به چه علت بوده نیز گفت: این مرخصی مربوط به 3 هفته قبل است. به علت اینکه مسؤولان زندان از وضعیت وی راضی بودند، با مرخصی‌شان موافقت شد. این مرخصی به علت رفتار مناسب موکلم به وی داده شده است.
وکیل خاندان هاشمی در پاسخ به اینکه آیا دیگر اتفاقاتی همچون توزیع سکه از سوی هاشمی رخ نداده است، گفت: نه! هیچ مشکلی نبوده و ایشان خود را با محیط زندان وفق داده و در حال زندگی کردن است. علیزاده‌طباطبایی درباره بهبود وضعیت جسمانی موکلش نیز اظهار داشت: ایشان تحت مراقبت هستند. غده‌ای در مثانه‌شان بود که عمل کردند. البته به علت اینکه وی جانباز شیمیایی است، مشکلات دیگری داشتند که تحت درمان قرار گرفتند.
وی درباره تحت مراقبت بودن موکلش در زندان گفت: پزشک زندان هر زمان که احساس کند زندانی مشکل دارد، بلافاصله دستور اعزام به بیمارستان می‌دهد؛ مثل آقای سحرخیز که زندان به طور رسمی گفت نمی‌توانیم وی را در زندان نگه داریم، البته برای مهدی فعلا این اتفاق نیفتاده است. وکیل خاندان هاشمی در پاسخ به اینکه فکر می‌کند وضعیت جسمانی موکلش به شرایطی برسد که نتوان وی را در زندان نگاه داشت، تصریح کرد: اگر به آن شرایط برسد، وی را فورا به بیمارستان اعزام می‌کنند. علیزاده‌طباطبایی درباره اینکه آیا مهدی هاشمی به این وضعیت خواهد رسید، گفت: نه! فکر نمی‌کنم. آخرین روزی که بنده به ملاقاتش رفتم، حالش خوب بود و آزمایشاتش مشکل خاصی را نشان نمی‌داد.
