روحانی احکام «رضا فرجی دانا» به عنوان مشاور علمی رئیس‌جمهوری و «حسینعلی امیری» به سمت معاون امور مجلس رئیس‌جمهور را تمدید کرد تا آنها همچون دولت یازدهم در دولت دوازدهم نیز عهده‌دار این مسئولیت‌ها باشند. وی همچنین «یونسی» را که در دولت یازدهم دستیار رئیس‌جمهور بود، به مشاور در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی و «اکبر ترکان» را به عنوان مشاور خود در امور هماهنگی نوسازی بافت‌های فرسوده و ناپایدار شهری منصوب کرد.
رئیس‌جمهور در حالی مشاوران و معاونان خود را معرفی و احکام آنها را صادر کرده است که همچنان پس از رفتن «محمد شریعتمداری» به وزارت صنعت، معدن و تجارت، جای او در معاونت اجرایی ریاست جمهوری خالی مانده و هیچ فردی جانشین معرفی نشده است.
با وجود اینکه هنوز تکلیف معاونت اجرایی رئیس‌جمهور مشخص نشده، در بودجه پیشنهادی سال ۹۷ ردیف مشخصی برای آن در نظر گرفته شده است؛ بنابراین، بودجه پیشنهادی برای معاونت اجرایی ریاست جمهوری در سال آینده 239/321/700/000 تومان (239 میلیارد و 321 میلیون و 700 هزار تومان) پیشنهاد شده است.
موضوع درباره انتخاب این معاونت رئیس‌جمهور وقتی جالب‌تر می‌شود که پای صحبت رئیس‌دفتر رئیس‌جمهور در این خصوص بنشینیم. «محمود واعظی» درباره معرفی معاون اجرایی رئیس‌جمهور گفته «در حال حاضر قصد معرفی معاونت اجرایی رئیس‌جمهور را نداریم.» او درباره اختصاص بودجه به معاونت اجرایی ریاست‌جمهوری، آن هم در شرایطی که معاون اجرایی رئیس‌جمهور مشخص نیست، نیز توضیح داده که «در حال حاضر معاونت اجرایی فعالیت‌هایی که در گذشته انجام می‌داده همچون گذشته انجام می‌دهد و همه آنها سرجایشان هستند.»
واعظی درباره زمان احتمالی معرفی معاون اجرایی رئیس‌جمهور نیز یادآور شده که «هر وقت انتخاب شد، می‌گوییم در حال حاضر بنایی برای این کار نداریم.»
در جریان معرفی کابینه دوازدهم زمزمه‌هایی درباره سرنوشت معاونت اجرایی رئیس‌جمهور و احتمال واگذاری مسئولیت‌ها و اختیارات این معاونت به رئیس‌دفتر رئیس‌جمهور شنیده می‌شد. از آنجا که در زمان طرح این گمانه‌زنی‌ها هنوز هیچ مسئولی برای دولت دوازدهم برگزیده نشده و دولت هم البته کار خود را آغاز نکرده بود، بحث‌ها این گونه عنوان می‌شد که «اگر واعظی رئیس‌دفتر رئیس‌جمهور باشد، مسئولیت‌های معاونت اجرایی رئیس‌جمهور را هم بر عهده خواهد داشت.»
حالا سخنان «محمود واعظی» درخصوص اینکه دولت فعلا بنایی برای انتخاب معاون اجرایی ندارد، موید همان گمانه‌زنی‌های زمان معرفی کابینه دوازدهم است. با این شکل که به احتمال خیلی فراوان در نهایت روحانی معاون اجرایی برنگزیند و اختیارات این بخش را به رئیس‌دفتر خود واگذار کند. از آنجا که بودجه تقریبی 240 میلیاردی برای معاونت اجرایی در سال 97 پیش‌بینی شده و مسئولیت‌های مهم معاونت اجرایی، باید این را پرسید که آیا رئیس‌دفتر رئیس‌جمهور می‌تواند همزمان مسئولیت دفتر ریاست جمهوری، نهاد ریاست جمهوری و همچنین معاونت اجرایی ریاست جمهوری را بر دوش بکشد؟!
